שודדי התיבה האבודה הוא הסרט הראשון של סדרת אינדיאנה ג'ונס. שם הדמות הראשית בסרט הוא אינדיאנה ג'ונס (הריסון פורד), הוא ארכיאולוג. עלילת הסרט מתרחשת בשנת 1936, גונס יוצא למסע חובק עולם על מנת למצוא את ארון הברית של בית המקדש העתיק, שאבדה לאורך הדורות. במקביל אליו פועלים כוחות נאציים שגם הם מנסים למצוא את התיבה, וכך מתפתח ביניהם מאבק לאורך כל הסרט.
הסרט מתחיל בכך שגונס נמצא בפרו ומוצא ממצא ארכיאולוגי חשוב, ושם נמצא ארכיאולוגי יריב שלו שמנסה לקחת קרדיט על ממצא זה, בסופו של דבר הוא לוקח את הממצא וחוזר לארה"ב. בארהב הוא נפגש עם קצין מודיעין שמיידע אותו שהנאצים נמצאים במצרים ועושים חפירות ארכיאולוגיות, מתוך תקווה למצוא את ארון הברית, שהיטלר מאמין שהוא יגרום לצבא שלו להיות בלתי מנוצח, ולכן חייבים למנוע ממנו מלמצוא אותו.
גונס נוסע לנפאל כדי לגייס את המנטור הוותיק שלו למשימה, הוא מגלה שהוא כבר מת. במקום זאת גונס מצרף למסע שלו את אהובתו הוותיקה, שמעריצה אותו ורוצה לעזור לו בעבודתו. במסעם של השניים למצרים הם פוגשים את סלאח ומתיידדים איתו, והוא מודה שהוא עזר לנאצים במאמצי החיפוש שלהם.